Todo apunta a que el templo se fundó en la Baja Nubia -enorme región atravesada por el río Nilo entre Asuán, en Egipto, y Jartum, en Sudán- unos 200 años antes de Cristo. Lo ordenó construir el rey kushita Adijalamani de Meroe, dedicado al dios Amón de Debod, el padre de todos los vientos, y a Isis de Filé, la diosa de la maternidad. Más adelante, fue embellecido por los faraones de la dinastía ptolemaica y cuenta también con añadidos de la época romano-imperial.