Cette église est le résultat des vicissitudes de son époque. En 1640 le roi, Philippe IV Elle eut de sérieuses difficultés à maintenir l’Empire en Europe et des révoltes éclatèrent sur le territoire espagnol lui-même. La situation en Catalogne motive le roi à diriger l'armée. Velázquez, peintre et ami du roi, l'a capturé dans un beau portrait : « Philippe IV à Fraga ».

Les Bénédictins castillans furent expulsés de Montserrat et le roi leur donna des terres dans la Calle de San Bernardo. Entre 1668 et 1671, Sebastián Herrera Barnuevo, architecte du palais, réalisa un projet qui ne fut jamais achevé. Une immense église, avec deux tours, une grande coupole avec tambour et lanterne, un transept et un déambulatoire. Encore inachevée, elle se distingue par ses proportions, sa grande tour et sa façade. Herrera Barnuevo a conçu la façade, les contours de la nef centrale et des chapelles latérales. Continu Pierre de Ribera apportant son style au monument. C’est donc un fantastique exemple du baroque madrilène.

La confiscation de Mendizábal expulsa les moines du couvent. Depuis 1843, elle servait de prison pour femmes, connue sous le nom de "la galerie" .

Dans le roman « Les déshérités »,  Perez Galdos décrit la Galera, qu'il appelle la "Modèle".

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